Aluehallintoviraston tehtäviin kuuluu kunnallisten ja yksityisten terveyspalvelujen ohjaus ja valvonta.
Aluehallintovirasto seuraa ja arvioi terveyspalvelujen kehittämistä ja toteuttamista sekä järjestää koulutusta ja antaa lausuntoja eri tahoille.
Aluehallintovirasto valvoo terveydenhuollon ammatinharjoittamista ja toimintayksiköiden toimintaa potilasoikeuksien ja potilasturvallisuuden varmistamiseksi tekemällä mm. tarkastuskäyntejä, käsittelemällä erilaisia kanteluja ja ilmoituksia ja myöntämällä lakisääteisiä lupia.
Aluehallintovirasto myöntää luvat yksityisten terveyspalvelujen antamiseen, mikrobiologisten laboratoriotutkimusten tekemiseen ja sairaankuljetukseen.
Aluehallintovirasto myöntää erikoissairaanhoitolaitoksissa työskenteleville lääkäreille oikeuden hoitaa potilaita erikoismaksuluokassa sairaanhoitopiirin anomuksesta.
Aluehallintovirasto edistää eri tahojen yhteistyötä mm. lasten ja nuorten terveyden edistämisessä, vanhusten terveydenhuollossa ja telemaattisten terveydenhuollon palvelujen kehittämisessä.
Kansainvälisen yhteistyön puitteissa aluehallintovirasto osallistuu arktiseen yhteistyöhön (AMAP) ja lähialueyhteistyöhön. Lähinnä virkamiestasolla edistää myös lähialueiden terveyttä edistäviä projekteja (esim. tuberkuloosi-projekti). Seuraa EU-lainsäädäntöä siltä osin kuin se koskee terveyttä.