Itä-Suomen aluehallintovirasto ohjaa, valvoo, suunnittelee ja arvioi lainsäädäntöön perustuen sosiaali- ja terveydenhuoltoa sekä ympäristöterveydenhuoltoa Itä-Suomen alueella. Aluehalintovirasto toimii läänin asukkaiden parhaaksi yhteistyössä kuntien sekä muiden paikallisten ja alueellisten toimijoiden kanssa.
Aluehallintoviraston toiminnalla vaikutetaan väestön hyvinvoinnin ja terveyden edistämiseen, sosiaali- ja terveyspalvelujen kehittämiseen ja syrjäytymisen ehkäisemiseen. Kansalaisten turvallisuutta parannetaan alkoholihallinnon ja ympäristöterveydenhuollon ohjauksella ja valvonnalla sekä valmiussuunnittelulla. Itä-Suomen aluehallintovirasto kehittää myös EU- ja lähialueyhteistyötä.