Aluehallintoviraston yhtenä tärkeänä tehtävänä on edistää eri toimijoiden välistä yhteistyötä alueellaan. Tätä tarkoitusta varten on Itä-Suomen aluehallintovirasto perustanut poikkihallinnollisia työryhmiä. Työryhmiin on kutsuttu mukaan kuntien, viranomaistahojen, järjestöjen sekä yritysten edustajia.
Itä-Suomen aluehallintovirasto on asettanut seuraavat poikkihallinnolliset työryhmät:
- maakunnalliset veteraaniasiain neuvottelukunnat
- poikkihallinnollinen päihdetyöryhmä
- päivittäistavarahuollon aluepooli
- sisäisen turvallisuuden työryhmä
- sisäisen turvallisuuden alueellinen toimeenpanosuunnitelma
- valmiustoimikunta